全体の収益のうち、手数料を差し引く前の市場運用益は３兆６４０４億円。運用利回りは４．７５％で、国内株式の収益が高かった前年度の１４．３７％から下落した。０６年度は、国内株式の収益率が下がる一方で、堅調な海外市場や円安傾向などを背景に、外国株式や外国債券が１０％以上の収益率を上げ、全体の収益の４分の３を占めた。
年金積立金の運用は０２年度に累積損失が約６兆７００億円にまで膨らんだが、その後の景気回復により０４年度には累損を解消。０６年度の黒字３兆７６０８億円のうち１兆９６１１億円を年金特別会計に納付した。０６年度の累積黒字は１０兆２６９７億円となり、前身の年金資金運用基金などの時代も含めて初めて１０兆円を突破した。
０６年度末の運用資産総額は、１１４兆５２７８億円。このうち財投債引き受け分を除いた８４兆９７５３億円を市場運用している。
